92% d’inconnus parmi les 54 000 espèces de virus dans nos crottes

C’est le genre de nouvelle qui, mal expliquée, pourrait faire paniquer: des scientifiques ont découvert, dans les excréments de près de 12 000 personnes, plus de 54 000 espèces différentes de virus, dont 92% étaient inconnues.

Ces personnes n’étaient pourtant pas plus malades que la moyenne et la grande majorité de ces virus sont sans danger pour l’humain.

Il se trouve simplement qu’on n’avait jamais fait de recherche à cette échelle sur tout ce qui vit dans nos intestins — et dont une partie se retrouve dans nos crottes.

Les 12 000 personnes en question viennent de 24 pays et le travail, publié le 24 juin dans la revue Nature Microbiology, consistait à faire une analyse dite «métagénomique». C’est-à-dire regarder les gènes dans leur ensemble, mais sans les détailler personne par personne.

Des virus mangeurs de bactéries

Les 54 118 espèces de virus dont il est question ici, représentées par environ 190 000 génomes de virus, sont en bonne partie des bactériophages. C’est-à-dire des virus qui se nourrissent de bactéries.

C’est la raison pour laquelle ces virus ne sont pas dangereux pour l’humain. Ils ne peuvent pas attaquer nos cellules, leur préférant les bactéries. Ils font partie de l’écosystème normal du corps humain — appelé aussi microbiote.

Pour les experts du microbiote, cette découverte est d’ailleurs importante pour une autre raison. Les bases de données de «nos» microorganismes recensaient auparavant peu de bactériophages.

Il reste à ce sujet beaucoup de terrain à défricher. On estime que plus de 70 % des nos microbes découverts jusqu’ici n’ont pas pu être cultivés en laboratoire.

La thérapie des phages

Mais pour les experts en maladies infectieuses, l’attention soudainement portée sur les bactériophages a une autre signification.

Il existe un vieux concept en biologie, appelé la thérapie des phages, ou phagothérapie, qui réfère à la possibilité d’utiliser des virus pour «attaquer» des infections bactériennes.

La théorie circulait il y a une centaine d’années, et elle a été mise de côté devant le succès des antibiotiques au milieu du 20e siècle.

Or, avec l’évolution vers des bactéries de plus en plus résistantes aux antibiotiques, est réapparu récemment l’intérêt de mener davantage de recherches sur les bactériophages.

Autrement dit, peut-être nos intestins abritent-ils les secrets de futures armes contre de futures maladies…