35 nouvelles branches dans l’arbre de la vie

Ce ne sont pas seulement 35 nouvelles espèces de bactéries qui ont été découvertes d’un seul coup. Ce sont 35 nouvelles branches dans ce grand arbre de la vie, et toutes découvertes dans la même eau souterraine.

D’un seul coup, le nombre d’embranchements, ou groupes de bactéries, vient de grossir de 15%. Une «modification substantielle à l’arbre de la vie», résume Jill Banfield, de l’Université de Californie, co-auteure de la recherche parue le 15 juin dans la version en ligne de Nature.

Un peu de vocabulaire. En biologie, on parle, tout en haut de la hiérarchie du vivant:

• Des domaines (les biologistes regroupent l’ensemble du vivant dans trois domaines).

• Ces domaines surplombent cinq ou six règnes.

• Ces règnes surplombent des dizaines de groupes (ou phylum en anglais): c’est à ce niveau que 35 nouvelles catégories de bactéries viennent de s’ajouter.

À titre de comparaison, l’ensemble du règne animal est divisé en 35 groupes: l’un inclut tous les vertébrés, dont nous faisons partie.

Génomes complets

Les chercheurs ont décodé 797 génomes presque complets, suffisamment différents de ceux connus jusqu’ici dans le monde microscopique pour leur attribuer ces 35 nouveaux groupes.

Ces bactéries n’étaient pas entièrement inconnues: plusieurs avaient été identifiées auparavant et classées comme appartenant potentiellement à de nouveaux groupes, mais il leur manquait une analyse génétique complète.

Toutes ont été «cueillies» dans un seul et même environnement, une nappe d’eau souterraine du Colorado, par une équipe utilisant des filtres censés recueillir des bactéries ne faisant que 400 nanomètres de large — des organismes qui passent normalement à travers les filtres utilisés pour stériliser l’eau.

Nouvelles branches

Du coup, leur découverte annonce que le règne des bactéries risque de s’enrichir de beaucoup d’autres branches dans les années à venir…

Ce qui les distingue des bactéries déjà connues:

• Entre autres, un processus de fermentation pour fabriquer l’énergie dont elles ont besoin, différent de la respiration aérobique ou anaérobique classique.

• Un ribosome «inhabituel», cette machine qui, dans les cellules, traduit l’information génétique en protéines.

• Et des génomes plus petits (entre 600 et 1100 gènes), au point où il semble à première vue leur manquer la capacité de croître par elles-mêmes. Si ça s’avérait exact, ça signifierait que ces bactéries doivent collaborer avec d’autres pour assurer leur survie.

«Je pense que ce que cela nous dit, résume dans le communiqué Christopher Brown, de l’Université de Californie à Berkeley, c’est qu’une grande partie des bactéries et des modes de vie bactériens sont différents de ce que nous pensions auparavant. Il y a beaucoup de biologie que nous n’avons pas été capables de comprendre avec nos méthodes actuelles.»