Covid : les variants ne sont pas arrivés à l’improviste

Les variants du SRAS-CoV-2, le virus responsable de la CoViD-19, se propagent à travers le monde et sèment l’inquiétude. Pourtant, ces mutations sont un phénomène normal et prévisible.

L’origine de la question

Le 3 février 2021, la directrice du programme de dépistage et de traçage du virus au ministère britannique de la Santé a été prise à partie par les scientifiques pour avoir affirmé que «personne n’aurait pu prévoir» que le virus de la covid pourrait engendrer des variants plus contagieux.

Sans aller aussi loin que la fonctionnaire britannique, plusieurs personnes ont laissé entendre ces dernières semaines qu’on n’aurait pas pu prédire l’émergence des variants actuels.

Pourquoi y a-t-il des mutations?

Tous les virus mutent et évoluent avec le temps. Le SRAS-CoV-2 ne fait pas exception, avec environ une mutation tous les dix jours. Ces mutations sont des erreurs de copie qui se produisent de façon aléatoire lorsque le virus infecte les cellules d’un hôte et se réplique.

Il faut savoir que les virus ne peuvent se reproduire par eux-mêmes (au contraire des bactéries). Ils transportent leur «manuel d’instruction» qu’ils imposent aux cellules de l’être vivant qu’ils infectent. Ce sont donc ces cellules de «l’hôte» qui vont fabriquer de nouvelles copies des virus.

Et c’est en faisant ces copies que les cellules font parfois des erreurs, en général sous la forme d’une seule « lettre » parmi les dizaines de milliers qui constituent le code génétique du virus. Ces fautes de frappe sont appelées mutations. Le virus porteur d’une ou plusieurs nouvelles mutations est un «variant» du virus initial.

Des variants plus contagieux, tôt ou tard

Il était donc inévitable qu’apparaissent des variants du SRAS-CoV-2. Tout comme il était inévitable que, tôt ou tard, un de ces variants, ou plusieurs d’entre eux, soient plus contagieux que les autres.

C’est dans la logique de l’évolution biologique: de la même façon que chez les animaux, depuis des millions d’années, ceux qui étaient mieux adaptés à leur environnement changeant ont survécu, un virus doit lui aussi s’adapter pour survivre.

Et dans ce cas-ci, l’environnement changeant, c’est nous: notre système immunitaire, nos confinements, nos médicaments.

Plus il y a de gens qui ont développé des anticorps contre ce virus, ou plus il y a de gens qui évitent les rassemblements, et plus les chances du virus de se reproduire s’amenuisent. Sauf si un variant se montre soudain plus coriace que les autres.

On ne pouvait pas prédire à quel moment

On peut toutefois donner en partie raison à ceux qui prétendent qu’on ne pouvait pas prédire les actuels variants plus contagieux: la nuance est qu’on ne pouvait pas prédire à quel moment de telles mutations se produiraient.

La majorité des mutations n’ont en effet aucun impact sur le développement de la maladie, parce qu’elles ne modifient pas les capacités du virus. Ces mutations sont dites silencieuses. Et dans le cas du SRAS-CoV-2, elles vont généralement être corrigées dans les générations suivantes du virus grâce au «correcteur» qu’il possède.

D’autres types de mutations sont considérés comme des tares qui vont nuire au virus. Par exemple, ces mutations vont modifier les composantes de base des protéines encodées dans l’ADN ou l’ARN, ce qui altère la forme finale de la protéine et l’empêche de fonctionner normalement ou de se transmettre.

Une mutation par 10 jours

Un autre problème est que le rythme auquel les mutations surviennent est difficile à établir et dépend du virus.

Même une fois qu’on le connaît (environ une mutation par 10 jours dans le cas de ce coronavirus) le rythme auquel surviennent des mutations «dangereuses» est impossible à déterminer.

Mais il reste que, dans le cas du SRAS-CoV-2, plusieurs études menées en 2020 avaient repéré des mutations capables de le rendre plus contagieux.

Depuis le premier décodage complet du génome du SRAS-CoV-2, en janvier 2020, plus de 80 000 mutations différentes ont été répertoriées et au moins trois variants ont été identifiés. Ces informations se retrouvent sur Nextstrain, un site Web public qui permet de suivre la progression des variants de ce coronavirus dans le monde.